新生儿百日咳的症状表现为阵发性痉挛性咳嗽，且伴有深长的“鸡鸣”样吸气性吼声，治疗上应按呼吸道传染病进行隔离治疗，抗生素首选红霉素，也可选用阿奇霉素。具体如下：
患儿在感染百日咳杆菌后，一般会有7~14天的潜伏期，然后出现典型百日咳症状，根据病程可分为3个阶段：卡他期、痉咳期和恢复期。该病病程长，可能会并发肺炎、神经系统疾病等，患儿可因发生并发症而出现呼吸暂停、继发于喂养困难和咳嗽后呕吐的体重下降、睡眠困难、气胸、鼻衄、尿失禁、惊厥、反复抽搐、昏迷等。
治疗上应按呼吸道传染病进行隔离治疗，百日咳杆菌对红霉素敏感，因此抗生素首选红霉素，也可选用阿奇霉素。咳嗽剧烈时可用镇咳药；痰液黏稠可用雾化吸入化痰药物。必要时给予镇静剂能减少患儿因恐惧、忧虑、烦躁而诱发的痉咳，同时还可以保证睡眠。
