肚脐眼有红疙瘩可能是生理因素引起的，也可能是病理因素导致的，如毛囊炎、脐周湿疹等，需根据实际情况对症处理。具体分析如下：
一、生理因素
肚脐眼是皮肤凹陷部位，通气性较差，若日常不注意个人卫生，致使肚脐眼内部聚积大量的污垢，引起细菌滋生，形成炎症反应，炎症因子会刺激周围的皮肤，可能会出现肚脐眼有红疙瘩的情况。建议应定期对皮肤进行清洁，保证肚脐眼的卫生。
二、病理因素
1、毛囊炎
如果日常存在不良的生活习惯，如经常对肚脐眼部位进行搔抓，可能会导致手指表面携带的细菌通过局部破损部位进入体内，进而出现炎症，引起毛囊炎，产生该症状。通常无异常表现，部分患者可能会出现轻微疼痛，可以使用酒精、碘伏消毒液等对此处进行清洁，一般能够自行恢复。
2、脐周湿疹
若患者经常穿有金属纽扣的裤子，金属与脐周皮肤直接接触，金属表面的化学物质会对此处造成强烈刺激，从而引起脐周湿疹，引起上述情况发生。建议患者可遵医嘱使用氯雷他定片、盐酸左西替利嗪片等药物治疗。
除此之外，也可能是脐炎、带状疱疹、疥疮等因素造成的。肚脐眼部位皮肤较为敏感，建议恢复期间不可多此处进行过度刺激，以免引起局部疼痛。
