主要是应该与一些与临床表现相似的疾病相鉴别：
第一，要注意与右膈下脓肿鉴别。因为肝脏就位于右侧的膈下，如果患者出现右上腹或者右侧膈下的疼痛，伴着有发热，应注意区分是由肝脓肿导致的，还是由膈下脓肿导致的。
第二，就是胆道的感染。因为肝脏脓肿的形成与肝内或者肝外胆管的胆系感染非常相似，主要通过影像学的检查看有没有肝脏的脓肿病灶。
第三，就是要与一些肝脏的肿瘤性疾病相鉴别，尤其是肝癌等恶性肿瘤，发现肝的占位性病变，要通过增强CT来进一步明确，以免把一些恶性肿瘤贻误。
